Geçtiğimiz sezon 2. Lig'den 3. Lig'e düşen Yeni Malatyaspor, yeni sezonda da disiplin sorunlarıyla gündeme geldi. 3. Lig 3. Grup'ta mücadele eden kulüp, sezonun ilk iki karşılaşmasına çıkmayarak kuralları ihlal etti.
Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu (PFDK), 12 Eylül 2026 tarihinde oynanması planlanan Ejderoğlu Kırşehir Futbol Spor Kulübü müsabakasına çıkmayan Yeni Malatyaspor'u 3-0 hükmen mağlup saydı. Aynı sezon içerisinde ikinci kez maça çıkmama eylemini gerçekleştiren kulüp hakkında, bir alt lige düşürülme kararı verildi.
Kurul ayrıca, Yeni Malatyaspor'un ligdeki diğer rakiplerinin, kulüple yapacakları müsabakalarda maç oynamaksızın hükmen galip sayılacağını duyurdu. Bu kararla birlikte Yeni Malatyaspor'un ligdeki durumu resmen sonlandırılmış oldu.