Karabağ'ın sembol şehri Şuşa'da 1869 yılında dünyaya gelen Ağaoğlu, gençliğinden itibaren Türk milletinin modernleşmesi, çağdaşlaşması ve kalkınması için kalemi ve fikirleriyle mücadele etti. Yazdığı çok sayıda kitap ve yüzlerce makaleyle Doğu dünyasında uyanış, demokrasi ve kadın hakları gibi konularda etkili görüşler ortaya koydu.
Ahmet Ağaoğlu, Azerbaycan'da Ermeni saldırılarına karşı kurulan ilk milli siyasi teşkilatın başında yer aldı. Türkiye'de ise İttihat ve Terakki döneminde aktif görev üstlendi, aynı zamanda gazetecilik alanında Türk basınının gelişimine öncülük etti. Düşünce ve eylem adamı kimliğiyle öne çıkan Ağaoğlu, Azerbaycan Cumhuriyeti'nin kurulduğu 1918 yılında ülkesinde milletvekili olarak görev yaptı, Türkiye Cumhuriyeti'nin kuruluş sürecine de katkıda bulundu.
1889 yılında Paris'e giderek Sorbonne Üniversitesi Hukuk Fakültesine kaydolan Ağaoğlu, Avrupa'da eğitim gören ilk Azerbaycanlı oldu. Ağaoğlu yurda döndüğünde Neşr-i Maarif adlı cemiyeti kurarak özellikle mezhep farklılıklarının doğurduğu toplumsal sorunlara karşı mücadele etti, din adamlarındaki yozlaşma, eğitim eksiklikleri ve kadın hakları üzerine kaleme aldığı eserlerle dikkati çekti.
Kafkasya'da 1905 yılında başlayan Ermeni-Türk çatışmalarında Türk halkının silahlı savunmasını üstlenmek amacıyla Difai Partisini kurdu. Çarlık Rusyası'nın baskılarının artması üzerine 1909 yılında İstanbul'a göç etti. Burada Maarif Müfettişliği ve Süleymaniye Kütüphanesi Müdürlüğü görevlerine getirildi. Aynı dönemde İstanbul Darülfünununda (Üniversitesi) Rusça ve Türk-Moğol tarihi dersleri verdi.
1911'de Türk Yurdu Cemiyeti, 1912'de ise Türk Ocağının kurucuları arasında yer alan Ağaoğlu, memuriyet görevinden istifa ederek siyasete atıldı. İttihat ve Terakki Cemiyetinin 12 kişilik Merkez-i Umumi heyetinde yer aldı ve 1914 seçimlerinde Afyonkarahisar'dan Osmanlı Meclis-i Mebusanına milletvekili seçildi.
1918'de Azerbaycan bağımsızlığını ilan edince, Anadolu'dan yola çıkan Kafkas İslam Ordusu Komutanı Nuri Paşa'nın siyasi müşaviri olarak Bakü'ye dönen Ağaoğlu, burada Azerbaycan Cumhuriyeti Meclisi'ne seçildi. Aynı yılın sonbaharında İstanbul'a döndü ancak İngilizler tarafından tutuklanarak Malta'ya sürgüne gönderildi.